在大部分被子植物花中子房壁发育成果皮，珠被发育成种皮，受精极核发育成胚乳，受精卵发育成胚，种皮 胚乳和胚三部分组成种子，种子和果皮组成果实。只有果皮由母本决定。西瓜瓤和瓜皮在生物学上都算是果皮，因此都是由子房壁发育而来的。
二倍体父本和四倍体母本的配子在结合后长成三倍体植株，但是三倍体植株在开花时，其雌蕊要用正常二倍体西瓜的花粉授粉，以刺激其子房发育成果实。
但产生种子时减数第一次分裂前期联会紊乱导致无法形成成熟种子，才有了无籽西瓜。
因为这里的母本是三倍体，父本是二倍体，所以瓜瓤瓜皮是三倍体，没有种子。
