窦姓起源古老，远祖始于夏朝。是大禹的后代。源于姒氏。夏朝国君相被杀后，到了王妃逃出窦地，逃回娘家有仍，生下了遗腹子少康。
后来少康恢复了夏朝，史称“少康中兴”，少康的两个儿子杼，龙，仍然居住在有仍，就姓了窦姓。后来杼即位为下任夏王。发展和演变：古代的少数民族氐族（分布在今天的陕西，甘肃，四川一带）也有以窦为姓的。
在汉朝时，清河观津的窦氏出了一个皇后，窦太后，她是文帝刘恒的妻子，景帝刘启的母亲，她一直执政到汉武帝时，清河窦氏也因此大兴，逐渐形成望族。
此外，窦姓在发展过程中，还逐渐形成了扶风，河南两大郡望，在当地发展成为望族，因此，窦姓世称扶风望，河南望，清河望。
窦姓的来源有多种说法。
一种说法是源于姒姓，传说中国上古帝舜时，鲧的妻子修己是有莘氏的女儿，因为吞吃了薏苡这种植物而怀孕，生下了禹。因此禹治水成功后，舜便赐姒姓于禹，而窦是姒姓的一个分支。
另一种说法是源于周穆王赐皇后氏族为窦氏。
还有一种说法是源于姬姓，出自战国时期魏国大夫窦公，属于复姓省文简化为氏。
最后一种说法是源于他族改姓，出自南北朝时期氐族库狄宥连部，整个部族被吞并入北魏王朝控制之中
