处理方法如下：
对于单位里总是持反对意见、不服从安排甚至公开对抗的副职，正职应该认真了解副职的经历以及平时的待人态度等等，对副职的思想动态有所知晓，对副职近期的困惑和需求、关切有所掌握。这样以便于区分副职不配合、不支持工本人作的真实因素。如果是副职因为擅长的专业不同、依据个人以往经验而产生的对工作安排和决策有不同意见或者反对意见的，正职应该要包容并赞许副职的行为。同时要认真倾听对方的意见和建议，对于副职因为所站立的位置不同产生的不同意见，要多次与副职沟通和解释，从而让副职了解这样的安排，更有利于工作的开展和单位的稳定运行。
对于那些不想干事追求平稳、混着退休的老好人型副职，经过坦诚的交流后充分满足其愿望，否则这种副职在工作中的懒散、不作为，也会让部分员工效仿，更多的时候会延误工作。可以适当安排一些不需要负责任但可以露脸的务虚工作，让副职有高高在上的感觉，又不用承担责任。这些副职会感激正职，也会在关键时刻力挺正职，以报知遇之恩。
对于那些素质低下、政治觉悟不高、私利私欲或者权本位思想严重，甚至一心就相当正职的副职，应当本着维护班子团结的原则谨慎处理双方的关系。在第一次出现明显的不和或者矛盾的时候，正职应该找个合适的时机与副职进行交谈。如果能够在求同存异的前提下，双方适当妥协可以维持团结局面的话，就尽量不要采取进一步措施。对于油盐不进一心要闹到底，并且暂时又无法让其离开的副职，正职就应该利用组织程序约束对方。集体决定和班子决议会让对方有种有力无处使的感觉，也没有机会和正职正面对抗。同时利用制定管理制度或者议事规则的方法，削弱对方的权限，增加自己的权限。也可以将对方的部分权限下放给其它部门，避免副职话语权过大。
了解发生矛盾的来龙去脉和问题症结所在。然后分别指出他们各自的问题，要求他们各自做自我批评，承认错误。在关系缓和的情况下，把他们找到一起，把问题摊开，解释清楚。
一般不是太大的矛盾，应该可以解决。要是根深蒂固，，冰冻三尺，恐怕解决起来要麻烦一些。 作为正职，关键是一碗水端平，实事求是，不能袒护任何一方。该肯定的肯定，该批评的批评，不能做老好人。
不想得罪人，结果两个都得罪了。因为还要在一起工作，一般都会给正职面子，很少会一犟到底，坚持己见。
