三大主体审计的独立性有如下区别，政府审计审计主体是政府，它独立于被审计单位，并且不收费，但政府审计不独立于政府，内部审计是独立性较弱的一种审计，只独立于被审计部门，不独立于企业整体，所以，内部审计主要是维护企业内部控制的健康运行，注册会计师审计是超然独立的，既独立于委托方，又独立于被审计单位，因此，三者的独立性注册会计师审计是最高的。
由于审计的本质是监督和被监督的关系，无论哪一种审计方式都强调独立性。对于政府审计、内部审计与注册会计师审计，由于三者的审计主体不同，对独立性的要求也存在一定的差异。
（1）政府审计政府审计是由政府审计机关代表政府依法进行的审计。这种审计只强调审计机关与被审计单位的独立性，而不强调审计机关与委托单位的独立性，因此政府审计只是单向独立；
（2）内部审计内部审计是由各部门、各单位内部设置的专门机构或人员实施的审计，通常由本单位总会计师或财务主管、单位负责人或总经理、董事会领导。这种审计也只强调内部审计机构和审计人员与被审计部门之间的独立性，不强调审计机构和审计人员与领导人之间的独立性。因此内部审计本质上也是单向独立；
（3）注册会计师审计注册会计师审计是由经政府有关部门审核批准的注册会计师组成的会计师事务所进行的审计；会计师事务所不受任何部门、机构的业务领导。注册会计师审计强调会计师事务所和注册会计师具有超然独立的立场，在业务承接上强调与委托人之间的独立性，与委托人签订业务约定书，明确各自责任；同时强调与被审计单位的完全独立。注册会计师审计体现审计机构和审计人员与委托人和被审计单位之间的双向独立。
