脊索动物的基本特征包括：脊索、背神经管、咽鳃裂、肛后尾、闭管式循环系统（尾索动物除外）、心脏位于消化道腹面等.其中脊索、背神经管、咽鳃裂是脊索动物三个最主要的特征.
脊索动物与无脊椎动物的区别与联系：二者之间区别是显著的.脊索动物具有纵贯背部的支持结构脊索,后被脊柱所代替；中空的神经中枢位于背部；生活史的全部或部分时期具有鳃裂；心脏位于消化道腹面.
而无脊椎动物无脊索或脊柱,中枢神经系统呈索状且位于身体腹面；无脊椎动物的鳃不位于咽部,用作呼吸的器官有软体动物的栉鳃以及节肢动物的肢鳃、尾鳃、气管等；心脏位于消化道背面；
无脊椎动物的肛孔开口于躯干部末端.但脊索动物的一些结构如：后口、三胚层、次级体腔、身体分节及闭管式循环也见于一些无脊椎动物.这些共同点表明脊索动物是由无脊椎动物进化而来的.
索动物的四大普遍特征包括：
1.在生命中的一定阶段具有脊索、中空的背神经索、咽鳃裂以及肛后尾。
2.被囊动物（尾索动物）的幼体具有脊索和神经索，但在成体中消失；
3.头索动物终身保留脊索和神经索；
4.而在进化程度最高的脊椎动物中，脊索由骨质脊柱取代。
