二者的主要区别是包含种类的差异。
细菌是微生物的一个群体,微生物除包括细菌外，还包括病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的许多生物群体。因此，微生物无论从种类还是数量上，都比细菌多。另外，在结构、存活时间、生产环境的都有较大区别
1.生物类型的不同
①细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
②细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
2.细胞结构不同
①细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
②细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
③细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
④细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）。
3.细胞大小不同
原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm；真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
4.增殖方式不同
细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
5.名称组成不同
细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（实为乳酸杆菌）；而真菌名称中则不含有。
