从卫生角度考虑，毛巾较为卫生，因为毛巾材质较为厚实，纤维更加松散，易于吸收湿气和污垢。同时，毛巾的面积较大，可以经常进行清洗和消毒，减少细菌滋生。洗脸巾则较难清洗，容易滋生细菌，长期使用可能会对皮肤造成不适甚至感染。因此，建议选用毛巾并定期更换，同时保持干燥，避免滋生细菌。
一般来讲，洗脸巾和传统的毛巾相比会更加的干净卫生，因为洗脸巾属于一次性的物品，基本上都是洗一次脸用一张，而且有一些很好的洗脸巾材质比较柔软，也非常贴合肤质，不会出现扎脸、刺激皮肤的现象，使用的感受要比毛巾好很多。
另外，毛巾在使用过后一般要晾起来，如果长期把毛巾挂在阴凉潮湿的环境里面，则不利于保持清洁和干燥，这样一来就更容易滋生大量的细菌，若是毛巾的布料和材质比较粗糙，经常用来洗脸还有可能会伤害到皮肤。
