1、用途不同：
一般存款账户：主要用于存款人借款转存、借款归还和其他结算的资金收付。
专用存款账户:存款人按照法律、行政法规和规章，对其特定用途资金进行专项管理和使用而开立的银行结算账户。
2、规定不同：
一般存款账户不能在存款人基本存款账户的开户银行（指同一营业机构）开立。
专用账户特殊规定：
（1）“单位银行卡账户”的资金必须由基本存款账户转入，该账户不得办理现金收付业；
（2）“财政预算外资金、证券交易结算资金、期货交易保证金和信托基金”专用存款账户，不得支取现金。
3、范围不同：
一般账户：存款人因借款或其他结算需要，在基本存款账户开户银行以外的银行营业机构开立的银行结算账户。
专用账户：
适用范围：
（1）基本建设资金；
（2）更新改造资金；
（3）财政预算外资金；
（4）粮、棉、油收购资金；
（5）证券交易结算资金；
（6）期货交易保证金；
（7）信托基金；
（8）金融机构存放同业资金；
（9）政策性房地产开发资金；
（10）单位银行卡备用金；
（11）住房基金；
（12）社会保障基金；
（13）收入汇缴资金和业务支出资金；
（14）党、团、工会设在单位的组织机构经费；
（15）其他需要专项管理和使用的资金。
