个人独资企业投资人申报综合所得的步骤如下：
投资者可以在网站上下载自然人税收管理系统扣除客户端软件，并安装运行。
登陆扣款客户端，进入生产经营备案渠道。如果单位类型为个人工商店、个人独资企业、合作企业三种类型之一，进入系统会显示生产经营申报渠道，单击生产经营即可。
点击预缴纳税申报，系统会自动获取企业核定信息，进入申报主界面。
按系统提示填写申报表信息，填写无误后点击保存。系统会验证投资者扣费、专项扣费、其他法律确定的扣费是否有任何一项不为0，如果实际情况下不需要修改报表数据，可按实际情况点击“是”，保存报表即可。
点击在线申报，进入申报表提交界面，系统会自动生成保存成功但未提交的报告，检查纳税人后点击提交申报。
单击纳税即可完成申报。
以上内容仅供参考，具体事项请咨询官方机构以获取准确信息。
