全文层次清晰，其行文结构主要围绕石兽的搜寻工作展开，在戏剧性的情节中挖掘出生活中的哲理。庙里的和尚和普通人一样，因为对外界事物的认识有限，按照常规思维划着几只小船，顺着河流去寻找石兽，当然是找不到；可是学者按照自己从书本上学来的知识进行推理也不正确，他的一套理论也许能让众人暂时信服，但是事实还是事实，按照学者的理论和方法向地下挖掘，肯定也是找不到石兽的。老河兵因为常年与河流打交道，对河流的水、石、泥沙等习性有更细致的了解，因而能得出正确的结论：石头逆流而上了。按照老河兵的方法在上游寻找，果然找到了石兽。
文章结尾揭示了主旨：“然则天下之事，但知其一，不知其二者多矣，可凭主观猜测而下判断欤！”像和尚和道学家那样“但知其一，不知其二者”的情况是很多的，在日常生活中是屡见不鲜的。作者对此类一知半解而又自以为是的人进行了辛辣的嘲讽，又指明了认识事物的方法和途径：不能片面地理解，更不能主观臆断，而要全面深入地调查探究事物的特性。文章寓理于事，给了人们非常深刻的启示。
此文的故事，情节虽然简单，但其中所蕴含的哲理，却是耐人寻味的。
