1、自花授粉和异花授粉的方法不同，自花授粉是同株植物的花粉，对同株植物的雌蕊授粉，异花授粉也就是不同植株、不同花朵之间的授粉。
2、植物结构也是不同的，自花授粉是两性花植物，可分为同花雌蕊和和雄蕊之间授粉，也就是同花授粉，还有就是一个花序中不同花之间授粉，异花授粉就是雌蕊和雄蕊不是同花，有的都不是同株植物。
1、结构不同：
自花授粉的花朵同时拥有雄蕊和雌蕊；异花授粉的花朵雄蕊和雌蕊不在同一个花朵中。
2、特点不同：
自花授粉的花朵授粉后，稳定性更高；异花授粉的花朵适应性更强，遗传性更丰富。
3、传粉方式不同：
自花授粉的植物，只能将花份传在同一朵花上，异花授粉的植物，能够将花传到其他植株的花朵上。
