所管辖单位不同：区直公积区所管辖范围为区直机关行政、企事业单位乖中直机关派出机构及中中企业。市直公积金管辖范围为南宁市辖区范围内的机关行政企事业单位。
资金来源不同。区直公积金资金来源于中直、区直行政企事业职工的缴费。而市直公积金主要来源于市直机关企事业职工的缴费。
服务对象不同，区直公积金服务于中直、区直机关企事业单位的职工。南宁市公积金亦然。
依据《住房公积金管理条例》规定，公积金是由就职单位缴纳的住房贷款基金，一般行政事业单位、企业均应为职工缴纳，区、市、县社保局均有指导、监督公积金的缴纳使用的权利。
南宁市公积金和区公积金因各自规定不同，导致管理上有所不同，主要区别有：
南宁市公积金首套首次贷款条件认定是南宁市行政区域范围内（含五县）无房无贷；首套房面积要在120平米以内，二套二次有面积限制，面积在144平米以内。
区公积金是由区直单位缴纳的，可以不包含南宁五县，房贷没有房屋面积限制。
