1)排水；蓝藻喜欢强光，在晴天的中午，排去30厘米一40厘米表层水体，可有效地降低池水中的蓝藻数量。
2)杀藻，常用杀藻药物有卤素类漂白粉，强气精，二氧气化氯，臭氯海因和重金属盐类硫酸铜，强氧化剂类高锰酸钾等。据报道三氯异氰脲酸对铜绿微襄藻具有很强的杀死效果，其浓度愈大效果愈明显，12.0mg/L时杀藻率达100%，浓度时低时，虽也有一定的效果，但由于有效氯的衰减，其杀藻不能持续很长时间，硫酸铜有很强的杀藻效果，但其含有的铜离子易对水体形成二次污染，因水体铜离子的含量对水体中蓝藻的繁殖有较大的促进的作用，易造成水体中蓝藻的再次爆发，
所以一般不建议使用硫酸铜杀蓝藻。
