不会。
是不会的，虽然身份证注册的两个账户，但是每一个支付宝账户都是独立存在的，不仅账户是独立的，借款和还款方面也是独立的。
有些用户使用支付宝花呗或其他的贷款业务之后，因为各种原因在账单日之前没有把钱还上，这样就会形成逾期，有两个支付宝账户的用户就会担心，支付宝会不会从另外一个账户上扣钱过来支付逾期账户呢，支付宝官方的回复是不会这样操作的，支付宝账户是独立的，包括逾期和还款，因此，不会出现从另外一个支付宝账户上扣费的情况发生。
虽然不会从其他支付宝账户上扣费，但是如果用户出现逾期后，支付宝会从逾期的这个支付宝账户上的其他渠道扣费，比如绑定的所有银行卡、余额宝、余额等。如果用户使用支付宝的信贷产品出现欠费逾期的情况，且情况比较严重的，支付宝的信贷产品会把用户逾期上传到央行的征信系统。
首先要说明的是一个人名下可以申请多个支付宝账号。你一个账号逾期未还款，就会自动从你绑定的银行卡进行扣款，除非你解除银行卡。这种情况下另一个账户是不会进行扣款的，虽说是同一名下，但是借款是独立账户的，只有芝麻信用是共通的。
