南通火车站和南通西站不在一起，是二个火车站。
南通站位于中国江苏省南通市崇川区永兴大道，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的铁路车站，南通站于2002年10月开工建设，2003年办理货运，2004年7月1日开办客运。2007年4月18日，南通站经扩建后投入使用。2016年5月15日，南通站正式开行动车组列车。2020年7月1日，南通站开通经由沪苏通长江公铁大桥至上海的城际列车。
南通西站，位于中国江苏省南通市通州区，是中国铁路上海局集团有限公司管内铁路车站，是沪苏通铁路、盐通高速铁路、通苏嘉甬高速铁路的交汇车站。2019年2月12日，南通西站动工建设；2020年7月1日，南通西站随沪苏通铁路赵甸至黄渡段的通车投入使用 。
