蒙元时期先后行用两种蒙古文字。一是蒙古畏兀字，一是八思巴蒙古字。
蒙古畏兀字：成吉思汗建国时，以畏兀字母书写蒙古语，称为蒙古畏兀字。畏兀字即古回鹘字，是一种拼音文字，创始于八世纪，共有字母20个左右。蒙古畏兀字自左向右竖写，蒙元统治者用以书写诏令文书，并用来译写汉文典籍。元世祖命八思巴制作蒙古字颁行后,蒙古畏兀字不再作为官方文字,但仍在民间行用。
元武宗时，畏兀儿人搠思吉斡节儿对蒙古畏兀字作了不少规范化的工作，第一次制定了蒙古字正字法和书面语法，使蒙古畏兀字成为便于普遍推广的文字，一直被蒙古族使用到今天。搠思吉斡节儿著有语法书《蒙文启蒙》(一译《心箍》)，这部书现已失传。
