考古专家认为，咸头岭遗址透露出文化内涵包括几个方面：
位于珠江口大鹏湾内侧第三级沙堤上，东北部是海拔数百米的丘陵山地，西南面海。遗址所处位置有大片的低地，海拔约8米，东南侧有几条淡水小溪，是较理想的沙丘遗址地貌。深圳早期的考古学文化遗址（新石器时代中期）主要分布在海边沙堤，为沙丘遗址。渔猎生产方式是那时的主导经济方式，原始农业只是作为辅助方式。
咸头岭遗址在20世纪90年代就已经引起了考古学界的高度重视，迄今为止，广东新石器时代中期早段的遗址寥寥可数，出土遗物不多。遗憾的是前三次咸头岭遗址没有木炭出土，因而没有做出碳14测定，2004年8月31日进行了第四次发掘，终于找到了科学测定的标本——碳14。
咸头岭遗址还是珠江三角洲地区惟一一处可以较全面地反映当时文化面貌的彩陶前时期的遗址。在距今6500—7000年前，珠江口地区已经存在着大群具较高水平的人类群体。咸头岭出土的陶器和石器的工艺制作水平和审美水平已经相当高了。大量陶器的出土说明当时已经人口众多，众多人口聚居又表明当时人们已经具备较强的生产能力，能够获取足以让他们生存的食物。
咸头岭遗址位于珠江流域，而珠江流域与台湾地区以及东南亚地区的考古学文化应该有千丝万缕的内在联系。
