因为里面供奉的是孔夫子，是祭祀孔子之地。
首先南京的夫子庙它位于秦淮区秦淮河北岸贡院街、江南贡院以西，地处夫子庙秦淮风光带核心区。至于为何取名为夫子庙这个道理很简单，因为里面供奉的是孔夫子，是祭祀孔子之地。夫子庙也有着很多的头衔，比如说这里是中国第一所国家最高学府、中国四大文庙之一，中国古代文化枢纽之地。
因为祭奉的是孔夫子,故又称夫子庙。南京夫子庙是孔圣人的祭殿，始建于宋景佑元年（1034年），始称文宣王庙。南宋绍兴九年（1139年）重建，名叫建康府学。元朝时改为集庆路学。 明朝初年作为国子学，继之为应天府学。
