上海海事大学海洋科学与工程学学院拥有4个本科专业（环境工程、安全工程、港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程），港口航道与海岸工程一个硕士点。
商船学院：本科专业：航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程、能源与动力工程
学院拥有2个一级学科博士点（交通运输工程、船舶与海洋工程），4个二级学科博士点（交通信息工程及控制、载运工具运用工程、轮机工程、船舶与海洋结构物设计制造），3个一级学科硕士点（交通运输工程、船舶与海洋工程、动力工程及工程热物理），4个二级学科硕士点（交通信息工程及控制、载运工具运用工程、轮机工程、船舶与海洋结构物设计制造），5个工程类专业学位类别（交通运输、电子信息、机械、土木水利、能源动力），6个工程类专业学位领域（水路交通运输、人工智能、船舶工程、海洋工程、动力工程、清洁能源技术）。
交通运输学院：本科专业：交通运输、交通管理（国航）、物流管理、交通工程
