一、鱼种不同
1、黄尾鱼：黄尾鱼一般是指黄尾鲴，因尾鳍呈黄色而得名，别称黄尾、板黄鱼、黄姑子等，在生物学分类上属于动物界、脊索动物门、辐鳍鱼纲、鲤形目、鲤科、鲴属中小型淡水鱼类。
2、红尾鱼：红尾鱼一般是指拟赤梢鱼，因尾鳍呈红色而得名，别称红尾巴梢、蒙古红鲌等，在生物学分类上属于动物界、脊索动物门、辐鳍鱼纲、鲤形目、鲤科、拟赤梢鱼属淡水鱼类。
二、形态特征不同
1、黄尾鱼：黄尾鱼体细长、侧扁，头小，吻钝，口下位，较大，鳞中大，侧线完全，背鳍起点约与腹鳍起点相对或稍前，胸鳍末端尖，腹鳍末端不达肛门，尾鳍叉形，背部灰黑色，腹部及体下半部银白，尾鳍黄色。
2、红尾鱼：红尾鱼体细长、侧扁，背部隆起，头细长、尖，口小，鳞细小，侧线完全，背鳍起点略偏后，各鳍均小，尾鳍分叉浅，背部灰绿色，体侧银白色，腹部白色，腹鳍、臀鳍和尾鳍下叶鲜红色，胸鳍灰黄色。
