乡镇派出所属于乡镇政府的组成部门，所以是接受乡镇政府的管理的。而且在某些比较情况比较复杂的乡镇，派出所的所长会兼任乡镇政府的副乡镇长，以便更好的开展具体工作。所以，乡镇派出所就是由同级的乡镇政府来进行管理的。只不过在其上面还会有公安局一类具有业务指导关系的上级部门。
派出所作为县公安局的派出机构，理论上其实只接受县公安局的领导，由县公安局直管，但是由于现在有一个词叫做属地管理，也就是说，派出所在乡镇的地盘上，很多工作是交叉在一起的，需要和乡镇一起来做，双方需要相互帮助和合作，比如有时候派出所在办理一些案件的时候，要和乡镇的司法所、国土所等一起协助，才能解决一些问题，才有利于工作的开展，所以，在一定程度上，其实派出所也归乡镇管理。
