小锦鲤的性别难以直接判断。
但如果观察鳞片，通常公锦鲤的颜色和亮度会更加鲜艳、绚丽，头部也会更加圆润；而母锦鲤则相对较暗或偏深色，体型略微修长。
此外，如果是成年的锦鲤，可以从观察其产卵等生殖行为中间接判断其性别。
体型：首先，锦鲤的公母可以从它的体型分辨出来。一般来说，若是年龄相同的锦鲤，那么母鱼的体型相对来说丰满一些，而公鱼的体系那个则是比较修长的。不过，幼鱼阶段不太容易观察出来，不过在此阶段之内公鱼的生长速度会快一些。
头部：公鱼和母鱼的头部也有差别。母鱼的头部比较窄，也比较长，而公鱼的头部上面有突起，比较容易观察到。
腹部：再就是二者腹部的差别。一般来说，母鱼的腹部也是比较丰满的，公鱼的腹部看起来比较平。这个方面在繁殖期观察的话，比较容易观察到。
胸鳍：再就是它们鱼鳍的区别，比如说胸鳍。若是母鱼，那么它们的胸鳍是椭圆形的；若是公鱼，那么它们的胸鳍看起来是比较尖的。
生殖孔：在锦鲤的长度长到30厘米以上的时候，可以通过观察它们的生殖孔来判断它们的公母。若是母鱼，那么它的生殖孔是向外凸出的，并且比较宽；若是公鱼，那么它们的生殖孔则是向内凹进的，看起来像是一字形。
