上海市域铁路由上海市公共交通运输管理局管理。该局是上海市政府直属机构，负责市内公共交通、出租汽车和环保等方面的管理。上海市域铁路属于公共交通的范畴，因此由公共交通运输管理局进行管理。
该局除了对线路、车站的建设和运营进行管理外，还负责制定相关规定和标准，监督和执法等职责。
上海市域铁路由上海市轨道交通管理局负责管理。该局负责规划建设和运营上海市轨道交通系统，包括地铁和城市轨道交通，以及相关设施和设备的维护保养工作。上海市轨道交通管理局的主要职责包括制定轨道交通发展规划、建设管理轨道交通线路和设施、维护保养轨道交通设施、监督规范轨道交通运营管理、提高轨道交通安全水平等。
该局致力于为上海市民提供便捷、舒适、安全、高效的轨道交通服务。
