细菌自然分布主要在土壤,水中和空气中。土壤中的细菌来自天然生活在土壤中的自养菌和腐物寄生菌以及随动物排泄物及其尸体进入土壤的细菌。
水中的细菌来自土壤、尘埃、污水、人畜排泄物及垃圾等。空气中的微生物来源于人畜呼吸道的飞沫及地面飘扬起来的尘埃。