一年生以上的木瓜其固定根有4~6条左右,有些固定根直径粗达4~10厘米,固定根的四周密布直径为0.5毫米左右的须根,须根上方又着生极细的根毛,这些须根和根毛起着吸收营养的作用,称为吸收根根系的发生、生长与分布随植株生长、土壤结构、水位高低不同而有差异。
其根系要求好气性的土壤环境,土壤政松,土层深厚,其吸收根发生特别多,在这个土壤环境中吸收根系分布在15~30厘米深处,如果地下水位较低时,根系生长深达80~100厘米。
木瓜根系水分和养分充足的话，深入土层可达一米，正常根系分布在表土下10-30厘米的深度。
