木瓜的根系为肉质根，比较浅，不耐水浸亦不耐旱。
木瓜根系属直根系，主根明显而发达，特别是幼苗期主根连接茎部而直生。主根两边有侧根，侧根上生长许多须根。
成年木瓜的根按其粗细与机能，可分为“固定根”和“吸收根”。固定根连接在茎的基部，向下生长，起着支撑地上部、贮藏营养和扩大根系的作用。
一年生以上的木瓜其固定根有4~6条左右，有些固定根直径粗达4~10厘米，固定根的四周密布直径为0.5毫米左右的须根，须根上方又着生极细的根毛，这些须根和根毛起着吸收营养的作用，称为吸收根根系的发生、生长与分布随植株生长、土壤结构、水位高低不同而有差异。
木瓜根系要求好气性的土壤环境，土壤政松，土层深厚，其吸收根发生特别多，在这个土壤环境中吸收根系分布在15~30厘米深处，如果地下水位较低时，根系生长深达80~100厘米。
