幼树和初挂果树的修剪：
幼苗定植的当年或第二年冬季在基干25—30公分处，剪去顶端；初挂果的幼龄树整形和结果并重，修剪量宜从轻，一般不短截，只进行些撑、拉和曲枝等。留好骨干枝，剪去多余枝，基部萌发枝条留好主枝3—5个，其余从基部剪去。
幼树和盛果期果树宜在秋季修剪，弱树和老树宜在春季。修剪时，注意把干枯枝、过密枝、病虫枝首先剪掉，对病虫枝进行集中烧毁，是防治花椒树腐烂病、叶锈病、根腐病、吉丁虫、瘿蚊和红胫跳甲的有力措施。
因修剪的目的和时期不同而采用的方法也有所不同。“剪”，就是整形修剪。修剪时必须剪除“七枝”，即：徒长枝、干枯枝、病虫枝、过密枝、交叉枝、重叠枝、纤弱枝。
花椒树主要在冬季休眠期进行修剪，此期树体的大部分养分已输送到骨干枝和根部贮藏起来，修剪损失养分最少。通常多采用短截、疏剪、缩剪、甩放等方法。另外，在营养生长期进行修剪叫夏季修剪或生长期修剪，调节养分的分配运转，促进坐果和花芽分化。夏季修剪使用的方法有开张角度、抹芽、除萌、疏枝、摘心、扭稍、拿枝、刻伤、环剥等
