总体来说，肯定是土木工程要好些，主要是从就业和学科方面来说。土木工程专业毕业生现在社会需求量很大，就业相对来说要容易很多，包括专科生。反之，软件工程需求量不大，而学这个的人很多，基本每个学校都有吧，本科生就业竞争是很大的，专科生就更别说了。
土木工程是一个相对来说不那么高深的专业，所以容易学到东西，就业门槛也比较低。
就学科而言，软件工程对个人专业素质要求很高，且很多单位愿意要电子科大这样专门电子计算机高校的毕业生。
一般大学的软件工程专业学生不是很受青睐的。 当然，也要看你喜欢什么，擅长什么，并且能接受什么样的工作。土木工程是好就业，不过都是蓝领，工资水平也很一般。软件工程虽说难就业，但是基本都是白领，并且自己的喜好和能力最好是擅长这方面的才好。
