"史前战纪蓝龙"是一部小说、漫画或电影的题材，我无法直接获取其中的具体情节。但根据您提供的信息，如果蓝龙生了三个蛋但只孵化出两个龙宝宝，可能有以下几种解释：
1. 因剧情需要：这样的情节安排可能是为了制造悬念或者引发故事发展，让读者或观众去猜测或期待第三个蛋的去向和可能性。
2. 发育异常：第三个蛋可能存在发育异常，导致无法孵化或孵化失败。在动物孵化过程中，有时候会出现一些意外情况，如胚胎不发育或者蛋壳有问题等。
3. 故事设定：在虚构的世界里，可能存在某种情况或规律，使得龙类的繁殖方式和生命特征与现实不同，导致只有一部分蛋能够成功孵化。
需要了解更多情节和背景信息，才能给出更准确的答案。请参考原著或相关资料了解具体情节解释。
