煮好的芋圆最好直接食用，不过如果需要保存的话，可以将其放入冰箱冷藏室中保存，可以保存一到两天。
如果需要保存更久的时间，可以将芋圆放入密封袋中，放入冰箱冰冻室中保存，可以保存一个月左右。
但需要注意的是，冷藏或冷冻后的芋圆口感会变得较硬，调理时需另加热处理，以恢复其原有口感。
刚煮熟的芋圆如果要长期保存的话，可以放入冷水中冷却，然后将芋圆分别放入冰箱的冷冻室进行速冻，再将冷冻好的芋圆一起放入保鲜盒中，密封保鲜, 并放入冰箱冷冻保存。
如果要在短时间内食用，最好配上汤，用碗、锅、保鲜膜或盖子密封。然后放入冰冷藏。一定要防止在冷藏过程中水分蒸发，如果芋圆缩水，会变硬粘在一起，可能会影响二次食用。而且需要注意的是，煮熟的芋圆最多只能冷藏三四天，不宜存放太久，因为时间长了不仅会失去味道和风味，还会产生各种细菌。
