有两个学校，分别是将军路校区和明故宫校区。
其中，将军路校区位于南京市将军路29号，占地面积170余公顷，是学校的主校区，也是学校行政和教学中心。明故宫校区位于南京市建邺区高新技术产业开发区五龙路29号，是南京市政府和南京航空航天大学共同建设的科技创新基地，也是南京航空航天大学的重要组成部分。
南京航空航天大学两个校区各具特色，将军路校区教学、科研、生活设施齐备，环境优美，是学校学生学习和生活的主要场所。而明故宫校区则是一个专注于创新创业的现代化科技产业园区，为学生提供了更多的实习和就业机会。两个校区相互补充，共同为南京航空航天大学的发展贡献力量。
