区别在于：
1.名称不同，一个叫公务护照，一个叫普通护照。
2.作用不同。公务护照是执行公务用的，而普通护照是个人因私事用的。
公务护照和公务普通护照的区别在于：颁发的对象不同，护照的样式不同，颁发的单位不同等。公务护照主要颁发给各级政府部门副处级以上官员、派驻国外的外交代表机关，公务普通护照一般发给国家派出的研究生、留学生、访问学者等。
法律依据：
《中华人民共和国护照法》第二条
中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。
任何组织或者个人不得伪造、变造、转让、故意损毁或者非法扣押护照。
《中华人民共和国护照法》第三条
护照分为普通护照、外交护照和公务护照。
护照由外交部通过外交途径向
