中华花龟的性别可以根据它们的体型和尾巴的不同之处来进行区分。正常情况下，雌龟的体型比雄龟的体型大，雌龟在成年后，体重可以达到4.5公斤，雄龟在成年体重大约可以长到1公斤。
它们的尾巴也不相同，雌龟的尾巴属于细短型，雄龟的尾巴则属于粗长型
尾巴。辨别花龟的公母可以看尾巴，公花龟的尾巴看上去十分细长，尾巴根部离泄殖孔较近，母龟截然相反，尾巴短小粗短，尾巴根部离泄殖孔的距离较远。
腹甲形状。腹甲上看，花龟的腹甲向内凹陷，母花龟的腹甲看上去扁平，将花龟反过来抚摸，腹甲带有一定的弧度。此外，公花龟的肛盾摸上去较浅，缺刻角度看上去较大。母花龟的两块肛盾的缺刻较深，缺刻角度较小。
花纹背甲。从花纹上来辨别，公花龟腹部的花纹较为稀疏，母花龟腹部的花为较为密集。从花龟的背甲上来看，公花龟的背甲短小宽敞，母花龟的背甲狭窄细长。
