从自然因素来看，全球变暖、区域干暖化带来了气温的升高，使得大部分地区蒸发量增加，河流湖泊水位出现了一定程度的下降；
区域地质条件的改变，使得地下水埋深降低，地下水和地表水的补给通道受到不同程度的影响，河流湖泊内生保障机制出现紊乱；
区域大气环流的改变，也使得一部分区域接收暖湿气流的能力下降，降雨量逐渐递减，河流湖泊水位自然下降。
原因是多方面的。季风气候区河流丰枯期水量变化大，枯水季节可能断流；工农业生产耗水量增加导致河流断流；超采地下水导致水位下降引起水源枯竭造成断流；为了拦蓄洪、发电、灌溉等兴修大坝导致部分河段断流；气候变暖造成部分地区降水减少而蒸发量增加也会造成断流；大气环流变化、厄尔尼诺现象导致个别年份降水稀少；某一地区长期受到高气压带控制会造成降水异常偏少也可能引起河流断流。所以，河流断流的原因是要根据实际情况分析的。
