一类、二类和三类医疗器械证号的区别主要包括:一类医疗器械证号是由国家药监局颁发的,适用于低风险的医疗器械;二类医疗器械证号是由省级食品药品监督管理局颁发的,适用于中等风险的医疗器械;而三类医疗器械证号是由国家药监局颁发的,适用于高风险的医疗器械。