功能不同。
转基因是指利用分子生物学技术，将某类生物的基因输入到其它生物体内，从而培育出的具有新性状的生物。
而非转基因是自然界存在的，是自然选择出来的个体。非转基因的植物生长周期是不变的，必须要在一定的时间内才能成熟，而转基因的植物缩短作物开发的时间;摆脱四季供应，打破物种界限加快成熟。
非转基因植物由于没有经过任何科技手段和非常规方法培育，所以产量很低。转基因植物是在实验室中培育出来的，产量可以人为控制，往往要高于非转基因的产量。
转基因和非转基因的主要不同是在于同一个物种，转基因是改变了该品种的基因图谱的某一个环节，使该物种能够扬长避短，去除该物种的不利的增长因素增加人们所希望达到的培育的目的。
而非转基因则是原始的物种没有经过人类的人为的改变，而直接可以栽种的物种。
