因为过程中销毁了大量的珍贵典籍
不利于清廷统治的文献，例如，鼓吹反清民族观念，触犯封建礼制，违反程朱理学的内容。
另外，明代档案也只存留下三千余件，估计有最少有一千万份明代档案再修书的过程中被销毁。还有忠诚于明朝的学士们的著作，也大多被列为禁书。
随着修书的开始，华夏文化迎来了灭顶之灾。《四库全书》修书的出发意义跟《永乐大典》不同，是为了更好的迎合统治者统治。在修书的过程中，有3000多种书籍被毁，很多的人被文字狱所害，许多书籍在修书的过程中被恶意篡改。可以说幸存下来被编入《四库全书》的书籍，都已经按照乾隆的意愿被篡改的面目全非，早已脱离了原有的根本。
以此可见所谓的修书，不过是愚民的一种形式。历经十年的《四库全书》纂修，网罗天下的文人忙于这浩瀚工程之中，让天下的文人都沉浸在汉文化复兴的错觉中。真真是好手段，一次修书，即让天下文人再无心反清又将华夏文化篡改自己统治的利器。所以我们才说《四库全书》的出现，弊大于利，毁书胜过修书。而乾隆帝也通过这样的手段，达到了封建集权的新高度。
