蚰蜒分雌雄两种,其中雌性蚰蜒在繁殖期爬行时身上会留有一种特殊气味,而当一只雌性蚰蜒在爬行时,后面可能会跟着很多只雄性蚰蜒,因为蚰蜒是用赛跑的方式来获得交配权,谁跑得最快谁最先获得交配权,若踩死或打死一只雌性蚰蜒,但雌性蚰蜒气味分子还在空气中,后面的雄性蚰蜒就会确定位置陆续到这里。
花蚰蜒的生殖器第17节后端开口，雌性有一分叉的突起，雄性则会有2对突起。民间也有一些蚰蜒爱好者给出了鉴别公母的简便方法，那就是“公母看屁股”，雌性和雄性蚰蜒屁股的形状不一样的，公的是圆的母的是尖的，类似于螃蟹的圆脐和长脐，只不过在蚰蜒这里反其道而行之了。
