副总经理的权利更大。因为副总经理和总经理是一个级别的，只不过是一正一副，而总经理助理只不过是总经理的手下，跟副总经理不是一级别。所以副总经理比总经理助理的权利大。
副总经理：分为常务副总经理，副总经理，常务副总在总经理之下，在总经理不在时行使总经理全力处理决策公司的大小事宜，副总经理各自都有自己分管的一块，比如营销副总，行政副总，财务副总等，也有的副总分管的部门不止一个，根据各人能力与公司安排也有关系。
总经理助理：分为两种一种是相当于秘书，一种是仅次于公司副总的总经理助手，凭感觉楼主提的一定是后一种，总经理助理在很多企业里，当总经理不在时行驶总经理职责，权利相对很大，再说他虽然名义上不如副总大，但是他与总经理接触的机会最多，要是和总经理关系，再密切一点副总们对他也是敬畏三分。
从行政级别上讲副总经理级别高于总经理助理，总经理助理只是总经理的助理，正常情况下副总经理的权力要大于总经理助理的权利。但是实际工作中有的总经理助理因为是总经理身边的人，在决策中近水楼台，往往发挥的作用更大。
