国六柴油车长期怠速的危害如下：
发动机燃烧不完全，排放系统容易堵塞。怠速时，发动机的转速很低，进气速度慢，可能导致进入缸内的空气不足，使得燃油燃烧不完全，排放系统容易堵塞。
燃油经济性变差。怠速时，发动机处于低转速状态，喷油嘴喷出的燃油不能充分雾化，可能导致燃油在缸内不能完全燃烧，使得燃油经济性变差。
发动机积碳。怠速时，发动机的转速较低，进气量较少，导致汽油燃烧不充分，产生大量积碳。这些积碳会附着在气缸壁上，影响发动机的工作效率。
损坏三元催化器。怠速时，发动机燃烧不完全，会产生大量有害气体和颗粒物，对三元催化器造成严重损害。
增加磨损和腐蚀。怠速时，发动机的转速较低，导致机油泵的泵油量减少，油压降低，润滑油膜变薄，润滑效果变差，同时容易产生氧化变质，加剧发动机的磨损和腐蚀。
噪音和震动。怠速时，发动机的转速较低，振动和噪音相对较大，长期下来可能会对车辆的舒适性和稳定性造成影响。
因此，为了保护国六柴油车的发动机和排放系统，建议尽量避免长时间怠速。如果需要在路边停车等待，可以关闭发动机或者使用停车怠速功能来降低怠速时间。同时，定期进行发动机和排放系统的保养和维护也是非常重要的。
