淘宝严重违规扣48分后扣店铺保证金不可以拿回来。
1、当店铺是第一次售假被投诉，且售假扣分大于0分小于24分时，淘宝平台不会扣除保证金作为违约金；当店铺是第一次售假被投诉，且售假扣分大于24分小于48分时，淘宝平台会扣除50%的保证金作为违约金，也就是1000*50%=500；当店铺时第一次售假被投诉，且售假扣分大于或等于48分时，淘宝平台会扣除全部保证金作为违约金。
2、当店铺是第二次售假被投诉，且售假扣分大于0分小于48分时，淘宝平台会扣除50%的保证金作为违约金，也就是1000*50%=500；当店铺是第二次售假被投诉，且售假扣分大于或等于48分，淘宝平台会扣除全部保证金作为违约金。
3、当店铺是第三次售假被投诉时，淘宝平台会直接扣除全部保证金作为违约金。
