有区别。
一是参保人群不同。学生医保针对在校大中专中小学生及幼儿；农村医保面向农民全体。
二是报销方式不同。学生医保的保险费用会把赔付金转到学校帐户，学生到学校领取；农村医保是患者出院后将相关资料交到乡镇主管部门，经审核后统一送交市农保业务管理中心报销。
三是费用不同。各地区的学生医保和农村医保缴费标准不同，个人缴纳和国家补助费用均不相同。
1、购买的途径不一样。农村医保是通过家长给孩子自行购买，学校医保是通过学校集体给学生购买。学校的医保和农村医保的性质是一致的。
2、在报销上，农村医保可以去指定的地点报销，学校医保由学校在一年中同一进行报销。学生医保需要在治愈后填写相关的申请以及提供相应的证明才能进行报销。
3、实体证明上有所不同。农村医保的实体证明有就诊证，在学生医保中只有相关的证明在很多地区并没有实体证件
