以前一直是二医大厉害，上医大其次。原来上医大属卫生部管辖，二医大属上海地方管辖，后来高校改革上医大合并给了复旦大学，二医大合并给了交通大学。其实不分高下，但如果一定有分个高下相对来说，二医大实力稍强一点，另外从高校录取来说，二医大相对来说招生上海生源多一点，上医大外地生源多一点。
最初合并医科大是复旦厉害一些，现在发现下来排名交大医学院高于复旦医学院，差距其实忽略不计，差不多吧。附属的医院也差不多。交大系有瑞金，仁济，新华，九院，上海精神卫生中心，上海儿童医学中心等。复旦系有中山，华山，儿童医院，肿瘤医院等
