超古代巨人和奥特曼在以下几个方面存在区别：
1. 体质和能力：超古代巨人体质特殊，可以自由在人类和巨人形态之间变换，并且具有强大的力量和能力，例如光暗之力和变形能力等。而奥特曼则是以光之国为家，拥有奥特之力和变形能力。
2. 科技水平：超古代文明的科技水平非常发达，超古代巨人拥有光暗之力，而奥特曼则可以使用各种各样的技能武器。
3. 外形特征：除了彩色计时器和头部轮廓的区别，超古代巨人的形象更随意和多样化，而奥特曼则更具有美感和进化特征。
4. 故事背景：超古代文明是巨人与人类共存的时期，而奥特曼则是来自不同星系、不同星球的宇宙人，他们最终选择了留在地球上。
总的来说，超古代巨人和奥特曼在体质、能力、科技水平、外形特征和故事背景等方面存在一些区别。
