主要的原因有以下几点:
其一,大本营需要一个有能力且值得信任的人来镇守。
其二,诸葛亮对征伐东吴态度暗昧。
其三,避亲嫌疑。诸葛亮的哥哥诸葛瑾在东吴官居要职,他曾写信劝阻刘备讨伐东吴,这时如果诸葛亮也劝阻刘备东征,就有和诸葛瑾相互串通的嫌疑。诸葛亮有至亲在东吴,不跟随刘备征东吴,也有避嫌之意。
其四,刘备还没有充分认识到诸葛亮的军事才能。刘备认为,诸葛亮主要显示的是其治国理征才能,战场经历很少,又鉴其比较年轻,刘备有意锻炼培养其治国守成才能,对诸葛亮战场过于谨慎不冒险的思想不认可,因此不刻意让诸葛亮跟随自己去征伐东吴。