苏伊士运河地处热带荒漠气候带，具有明显的高温、低湿、少雨的特征。全年阳光充沛，气温波动较大，夏季炎热干燥，冬季较为温和，但仍然干燥。平均气温在高温季节可达40℃以上，高温时期还容易发生沙尘暴等气象灾害，对运输船只产生一定的影响。年降水量不足100毫米，大部分集中在冬季。由于多年无雨，这里的水资源十分有限，而且有着严重的水土流失和沙漠化问题，需要加强管理和保护。
苏伊士运河流域属于亚热带地中海气候。运河为典型的海平面式运河（Sea-Level Waterway），，地质信息复杂，主要包含沉积土壤、沙质和石灰岩层等。
