1、人工手动清除
最简单的办法就是人工拿除藻刀或者刷子来刷鱼缸，这是最直接也是最好用的办法，不过就是有点费人力。不过要注意的是，刷完褐藻之后鱼缸水必定浑浊，这个时候可以正好给鱼缸换水，去除一些鱼缸里的漂浮物，剩下的慢慢过滤到或滤棉上，之后再换棉即可。
2、利用一些鱼儿清除
如果你不想动手刮藻的话，可以用一些鱼儿来吃掉褐藻。例如变异的清道夫，也就是女王。还有一些金苔鼠、胡子鱼等，都是可以吃褐藻的。另外还有黑壳虾也很好用，好多鱼友表示自己鱼缸褐藻很多，放进去一些黑壳虾两天褐藻就没有了。
3、除藻药物清除
也可以使用一些带有含除藻成分的水族专用药剂来除藻。一般市面上的除藻剂能够有效的去除粘泥和剥离附着到缸壁上的藻类，还有抑制藻类生长的作用。但是用除藻剂的话一定要考虑自己的鱼儿是否适应除藻剂。避免引起其他的一些意外因素。
人工清理，鱼缸勤换水，定期清洗和清除食物残渣；褐藻可以通过人工的方式清理，这样做的好处是立竿见影，但也有一定的缺点，那就是治标不治本。
使用除藻剂，但需要严格按照说明书稀释，控制用量，以免对鱼产生毒害；除藻剂也是不错的选择。
养工具鱼，常见的青苔鼠、黑线飞狐、小精灵鱼等都是不错的食藻鱼，可以将褐藻吃掉。
建立鱼缸的硝化系统，减少氨氮含量，褐藻就不会大量滋生。鱼缸里老是有褐藻，说明水中有氨氮。
