是的，学籍系统中的身份证查重是自动进行的。这主要依赖于全国学籍查重系统，该系统会在几秒钟内自动完成查重工作。
在查重过程中，如果发现学生的身份证已经在其他学校注册，那么需要采取行动解决问题。这可能需要通过省内转学或者跨省转学的方式，将学籍调转至正确的学校，以确保学生的人籍一致。这种情况下，需要手动操作，相对会花费更多的时间。
另外，如果名单中存在没有居民身份证号的学生信息（包括外籍、港澳台的学生信息），这个过程将需要人工手动处理。因为这部分学生的信息无法被全国学籍系统自动查重处理，会相对耗时。学校需要提供“无身份证号学生在校就读证明”，否则将无法及时建立学籍。
以上仅是简要介绍，如需更多信息，可以请教相关学校工作人员。
