你所做的工作应该是寻找某个物种中的某一个基因在其它物种中的同源基因（ortholog）然后再做进化树那种吧。
进行多序列比对有许多软件都可以做到，DNAman我用的比较多的是alignment而不是multisequencealignment。
给你推荐一些软件，一个是clustalx,一个是MEGA，这两个软件都可以进行蛋白多序列比对，而后者我认为更强大些，还可以进行进化树分析。
把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中（一般做同源分析都是用蛋白质序列）。
然后用软件进行比对就可以了，结果可以输出为多种形式，比如fasta或者其它格式，软件用法我这里也不多讲了，必须看专用的手册。如果还有不明白就发信息给我
