香格里拉镇海拔最低的地方是在四川省稻城亚丁风景区内，海拔约为2900米。香格里拉市地处青藏高原东南缘，横断山脉腹地，属横断山脉高山峡谷区，气候主要特点为干湿季分明，气温年较差小，日较差大，垂直变化显著。
香格里拉市年平均气温5.5℃，最热月（7月）平均气温13.8℃，最冷月（1月）平均气温-7.8℃，年平均相对湿度65%。年平均降水量为640毫米，雨季（5月-10月）降水量占全年的85%以上，干季（11月-次年4月）降水量仅占全年的15%左右。
香格里拉市气候立体特征明显，“一山分四季”“十里不同天”是其气候特征的真实写照。
